Operasi disini bukan berarti operasi dibidang lesehatan atau operasi kepolisian yang menilang pengendara pelanggar. Operasi disini ialah suatu kegiatan terencana oleh ABRI dengan target tertentu ketika mereka bertugas khusus di Timor Timur.

Beberapa operasi yang dilakuan antara lain

Operasi Komodo

Operasi Flamboyan

Operasi Kuta

Operasi Seroja

Operasi Kikis

Diantara yang terkenal adalah Operasi Seroja. Sebelum tahun 2003, operasi tersebut adalah operasi gabungan terbesar udara yang pernah ada di republik ini. Operasi ini mengawali aksi bersenjata dengan pasukan reguler Indonesia terhadap suatu wilayah yang bukan miliknya.